Преподобный Михаил исповедник родился в Иерусалиме в семье ревностных христиан и с молодых лет посвятил себя иноческой жизни. После смерти отца мать и сестры святого Михаила ушли в монастырь, а преподобный Михаил был посвящен в сан пресвитера. Он славился как сильный проповедник, поэтому Патриарх Иерусалимский Фома I приблизил его к себе и возвел в звание синкелла (заведующий делами церковного управления). В то время царствовал император иконоборец Лев Армянин (813-820). Патриарх послал к нему преподобного Михаила вместе со святыми братьями Феодором (память 27 декабря) и Феофаном (память 11 октября), чтобы они убедили царя прекратить гонения на православных. Император подверг святого Михаила пыткам и послал в изгнание.
Вернувшись из изгнания, преподобный вновь пострадал за почитание святых икон от императора Феофила (829-842). Сподвижники святого Михаила, святые Феодор и Феофан, подверглись истязаниям: на лица их были наложены раскаленные клейма с поносящими их надписями. Они получили прозвище «Начертанных».
Вновь осужденный святой Михаил со своим учеником Иовом был сослан в Павеиадский монастырь. После смерти Феофила императрица Феодора (842-855) восстановила иконопочитание, вернула сосланных иконоборцами христиан и предложила святому Михаилу занять патриарший престол вместо низложенного иконоборца Иоанна Грамматика. Но святой мученик уклонился от этого. На патриарший престол вступил святитель Мефодий.
Святой Михаил исповедник до конца дней трудился в должности синкелла. Скончался мирно около 845 года.